Depuis les années 1980, l’archéologie sous-marine s’est développée ; elle a donné un nouveau souffle aux recherches historiques, en particulier pour la période antique. L’exploration du Rhône a permis de mettre en lumière l’activité portuaire d’Arles et l’importance des échanges commerciaux qui y transitent grâce à sa situation au point de rupture de charge entre la Méditerranée et la liaison fluviale vers l’Europe du Nord. En 2004, la campagne de carte archéologique s’est intéressée au « dépotoir » portuaire du Ier siècle situé au niveau du pont de l’autoroute. C’est là que les plongeurs découvrent ce qu’ils pensent être une pirogue et qui est en réalité ARLES-RHÔNE 3, un chaland de plus de trente mètres qui va se révéler quasiment intact. Après 3 campagnes de fouilles l’épave est classée « Trésor national » et son relevage est décidé. En 2013, après l’aménagement d’une aile spécifique, le chaland est exposé au Musée.